Fue fundada en 1887 como una fábrica de pianos y armonios por Torakusu Yamaha como Nippon Gakki Company, Limited en Hamamatsu, Prefectura de Shizuoka, y se constituye el 12 de octubre de 1887. El origen de esta compañía como una fábrica de instrumentos musicales está aún reflejado en el logotipo del grupo, formado por tres diapasones cruzados. Después de la II Guerra Mundial el presidente de la compañía, Genichi Kawakami decidió darle un nuevo uso a la maquinaria adquirida durante la guerra y usó la habilidad de la compañía con los metales para empezar a construir motocicletas. La YA-1 (alias Akatombo, la "Libélula Roja") de las cuales 125 fueron hechas el primer año de construcción (1954) fueron nombradas en honor al fundador de la compañía. Era una moto urbana con motor de 125 cc, de un solo cilindro, dos tiempos, inspirada en la alemana DKW RT 125. En 1955, el éxito de la YA-1 trajo la fundación de Yamaha Motor Company.